Αναγέννηση
Όταν στις αρχές της δεκαετίας του 1980 δόθηκε άδεια να ανοίξει ένα ανδρικό μοναστήρι στη Μόσχα, η επιλογή του πατριάρχη Πιμένου έπεσε στο μοναστήρι της Αγίας Σκέπης. Ωστόσο για τις αρχές ήταν πιο εύκολο να αδειάσει η μονή του αγίου Δανιήλ, η οποία εκείνη την εποχή στέγαζε ένα ορφανοτροφείο, εκείνο το μοναστήρι και άνοιξε πρώτα. Από τότε άρχισαν να ανακαινίζονται και άλλα μοναστήρια – αυτή τη στιγμή που άνοιξε η ιερά μονή της Αγίας Σκέπης στη Μόσχα υπήρχαν τέσσερα ανδρικά και τρια γυναικεία μοναστήρια. Το 1994 ο πατριάρχης Αλέξιος Β' ευλόγησε την ανανέωση της μονής της Αγίας Σκέπης με τον ορισμό της Ιεράς Συνόδου της 24ης Νοεμβρίου του 1994. Με την απόφαση του Πατριάρχη Μόσχας και Πασών των Ρωσιών Αλεξίου Β' της 22 Φεβρουαρίου του 1995, η ρασοφόρη μοναχή του Ντιβιέγιεβο Όλγα (Μίσκινα) διορίστηκε προιστάμενη της μονής. Στις 14 Απριλίου του ίδιου έτους εκάρη στο μικρό σχήμα από τον πατριάρχη Αλεξίου Β' με το όνομα της αγίας βασίλισσας Θεοφανίας.
Στα μάτια της γερόντισσας Θεφανίας και των πρώτων κατοίκων που έφτασαν στον τόπο της υπακοής τους παρουσιάστηκε μια καταθλιπτική εικόνα. Οι ναοί και τα κτίρια της μονής ήταν σε άσχημη κατάσταση, κάθε τετραγωνικό μέτρο των εγκαταστάσεων του μοναστηριού καταλάμβανε κάποια κρατική ή εμπορική οργάνωση. Αλλά η βοήθεια του Θεού συνόδευε τις αδελφές και σταδιακά, βήμα-βήμα η μονή άρχισε να ξαναγεννιέται. Μεγάλη βοήθεια για την απαλλάξει η μονή από τους ενοικιαστές των εγκαταστάσεων της και να κλείσει η πίστα ήρθε από τον τότε δήμαρχο του κεντρικού δήμου της πρωτεύουσας Α. Ι. Μουζικάντσκι.
Στα τέλη Μαρτίου του 1995 το καταστατικό της μονής καταγράφηκε, στο Μητρώο του κράτους αλλά στην πραγματικότητα οι πρώτοι χώροι της μονής μεταδόθηκαν στις αδελφές μόνο την 1η Οκτωβρίου του 1995. Ήταν το παρεκκλήσι του οσίου Νείλου Στολμπέντσκι, που βρίσκεται στο ισόγειο της εκκλησίας της Αγίας Σκέπης. Ήδη την ημέρα της Αγίας Σκέπης ο ναός καθαρίστηκε και στις 14 Οκτωβρίου 1995 έγινε η πρώτη για πολλά χρόνια παράκληση της Αγίας Σκέπης.
Στις αρχές Σεπτεμβρίου του 1996 εκδόθηκε κυβερνητικό διάταγμα της Μόσχας για τη μετάδοση των διατηρητέων κτιρίων και δομών στο μοναστήρι και για την αναοικοδόμηση της ιερας μονής της Αγίας Σκέπης και σύντομα ο πατριάρχης Αλέξιος Β' επισκέφθηκε το μοναστήρι για πρώτη φορά. Στις 13 Οκτωβρίου του 1996 η Αγιότητά του εξέτασε τα κτίρια του μοναστηριού και λειτούργησε αγρυπνία την παραμονή της πανηγυρικής εορτής της αγίας Σκέπης της Παναγίας. Για σκληρή δουλειά για την αναβίωση του μοναστηριού, η ηγουμένη πήρε επιστήθιο σταυρό.
Μετά από αυτή την επίσκεψη στο μοναστήρι του πατριάρχη Αλεξίου Β' η μετάδοση των μοναστηριακών κτιρίων επιταχύνθηκε σημαντικά: μια εβδομάδα αργότερα αδείασε η εκκλησία της Ανάστασης όπου βρισκόταν το γυμναστήριο, άλλα κτίρια σταδιακά μεταδόθηκαν στο μοναστήρι. Οι αδελφές που αρχικά ζούσαν και προσεύχονταν στον κάτω όροφο της εκκλησίας της Αγίας Σκέπης τελικά μετακόμισαν στα αδειασμένα κτίρια.
Στις 4 Απριλίου του 1998 με αφορμή της εορτής του ακαθίστου ύμνου της Θεοτόκου ο Αγιώτατος Πατριάρχης Αλέξιος Β' για πρώτη φορά λειτούργησε στο μοναστήρι στη Θεία λειτουργία, η οποία προηγήθηκε από τον μεγάλο αγιασμό των τριών παρεκκλησίων του κάτω ορόφου της εκκλησίας της Αγίας Σκέπης. Στη Μεγάλη Είσοδο η προιστάμενη αδελφή για την εργασία της για την αναβίωση του μοναστηριού (γρήγορη μετάδοση οικοπέδων και κτιρίων στο μοναστήρι, η διακόσμησή τους), πήρε αξίωμα της ηγουμένης. Στο τέλος της λειτουργίας η Αγιότητά Του αγίασε τους σταυρούς, οι οποίοι στη συνέχεια εγκαταστάθηκαν στους τρούλους των ναών της Αγίας Σκέπης και της Ανάστασης.
Την άνοιξη του 1998 η τελευταία κοσμική οργάνωση εγκατέλειψε τα τείχη της μονής. Και έπειτα έλαβε χώρο ένα από τα σημαντικότερα γεγονότα στη ζωή του αναγεννημένου μοναστηριού: την 1η Μαΐου του 1998 εδώ αποκομίσθηκαν τα τίμια λείψανα της αγίας μακαρίας γερόντισσας Ματρονας.
Το 1999 ο πατριάρχης Αλέξιος Β' έκανε μεγάλο αγιασμό των τριών παρεκκλησίων του 2ου ορόφου της εκκλησίας της Αγίας Σκέπης. Στις 22 Νοεμβρίου του 2001 ο Αγιώτατος Πατριάρχης Αλέξιος Β' αγίασε την εκκλησία της Αναστάσεως της μονής.
Τα τελευταία χρόνια, τα μοναστικά κτίσματα, οι τοίχοι και οι πύργοι και οι φράχτες του μοναστηριού αναστηλώθηκαν πλήρως, το έδαφος της μονής διαμορφώθηκε (φυτεύτηκαν δέντρα και λουλούδια, πλακοστρώθηκαν τα μονοπάτια, στήθηκαν πάγκοι για ενορίτες). Οργανώθηκε μια τράπεζα για 200 άτομα.
Στις 23 Ιουλίου 2015 ο Αγιώτατος Πατριάρχης Μόσχας και Πασών των Ρωσιών Κύριλλος αγίασε το νέο κτίριο του μοναστηριακού ξενώνα για προσκυνητές που έρχονται να προσκυνήσουν τα ιερά λείψανα της αγίας γερόντισσας Ματρώνας της Μόσχας.